In de eerste nummers leer je Hamilton en alle andere figuren kennen. Hamilton is geboren op het eiland Nevis en zijn moeder sterft als hij twaalf is. Zijn vader is nooit in beeld geweest waardoor hij feitelijk een weeskind is. Nadat zijn eiland door een orkaan is verwoest begint de gemeente een inzameling om de intelligente jongen naar het vasteland te sturen. Daar schrijft en werkt hij zijn weg omhoog en krijgt hij in 1776 een stipendium om aan King's College rechten te studeren. Hij ontmoet Aaron Burr, John Laurens, Marquis de Lafayette en Hercules Mulligan en door zijn retorische talent wordt hij al snel opgenomen door de studenten die aan het begin staan van de revolutie tegen het Britse koninkrijk. Burr is hierbij degene die het minst enthousiast is en liever afwacht om te zien hoe de wind zal waaien. Hamilton wordt steeds fanatieker in zijn vrijheidsdenken en Burr en Hamilton zijn daardoor klassieke tegenpolen gedurende het hele verhaal.
Op een bal van de Schuyler Sisters introduceert Angelica Schuyler, Hamilton aan haar zus Eliza. Angelica is zelf gefascineerd door Hamilton maar vindt hem een te groot risico. Eliza is compleet verliefd en zij trouwt met Hamilton. Maar Angelica en Hamilton zullen altijd een speciale band houden. Wat als.... Ondertussen heeft Burr een affaire met de vrouw van een Britse officier, maar ook daar gaat hij voorzichtig te werk.
De oorlog komt op gang en Hamilton wil vechten, maar hij krijgt steeds administratieve posten omdat Generaal Washington zijn schrijftalent erkent en wil gebruiken. Uiteindelijk bewijst Hamilton zich in de slag om Yorktown waar hij samen met Lafayette en Mulligan de Britten verslaat.
Na de oorlog is het onduidelijk hoe de nieuwe natie zichzelf kan regeren.Hamilton en Burr krijgen beiden een kind en John Laurens sterft. Hamilton werkt non-stop om de jonge natie op de benen te krijgen en wordt aangesteld als Minister van Financien. Al deze werkdrug trekt echter een wissel op zijn huwelijk.