Thomas Jefferson komt terug uit Frankrijk waar hij de Ambassadeur was (hij heeft daarom ook duidelijk een andere muziekstijl) en wordt aangesteld als Minister van Buitenlandse Zaken. Hij clasht continue met Hamilton die Minister van Financiën. Dit wordt uitgevochten door middel van onvervalste rap battles in de Cabinet Meeting. In Frankrijk breekt de revolutie uit maar tot groot ongenoegen van Jefferson, steunt Washington Hamilton's lijn en blijft hij neutraal in plaats van de Franse patriotten te hulp te schieten. Ondertussen is de Britse Koning flabbergasted dat ze in Amerika steeds van leider veranderen.
Jefferson, Madison en Burr vermoeden dat Hamilton fraude heeft gepleegd, waardoor hij zich gedwongen voelt om zijn buitenechtelijke relatie op te biechten. Zijn vrouw Eliza dreigt slachtoffer te worden van de politieke spelletjes maar komt met een ijzersterk weerwoord waardoor Hamilton nog verder in een isolement komt te staan. Als het noodlot toeslaat verliezen zij ook nog hun zoon en Eliza en Alexander Hamilton verhuizen uit de binnenstad en moeten langzaam hun leven weer oppakken en elkaar terugvinden.
Als Hamilton in de verkiezingen van 1800 niet Burr steunt maar Jefferson, met wie hij continue in de clinch heeft gelegen is voor Burr de maat vol. Hij daagt Hamilton uit tot een duel met fatale afloop. De musical eindigt met een reflectie door en op het leven van Eliza, die na het sterven van Alexander nog tot grootse daden is gekomen. De slotscene eindigt met Eliza's beroemde 'gasp'. En wat die betekent zal nog jaren onderwerp van gesprek blijven (zie ook de Wist-U-Datjes).